Спустя три десятилетия после разрушительной Третьей мировой войны и ядерного уничтожения Токио на его руинах возвысился Нью-Токио. Хотя город выглядит современным и упорядоченным, Япония превратилась в профашистское государство, безжалостно подавляющее любое инакомыслие. В секретных лабораториях ведутся парапсихологические эксперименты над людьми, целью которых является создание идеального оружия.
Внутри правящей системы нарастает конфликт между военными во главе с полковником Сикисимой, курирующим биологические эксперименты, и правительственными кругами. Одновременно в обществе распространяется религиозное движение, поклоняющееся сверхчеловеку по имени Акира, чье обещанное явление, по убеждению последователей, способно исцелить все язвы японского общества.