2031 год. Прогресс в области кибернетики позволяет людям заменять утраченные конечности высокотехнологичными протезами. Капитан Мотоко Кусанаги из отдела специальных расследований занимается делом о загадочном хакере, известном под псевдонимом Марионетка.
Расследование приводит её в самые тёмные уголки киберпространства, где стирается грань между человеком и машиной. С каждым новым шагом капитан сталкивается с призрачным противником, чьи мотивы остаются загадкой, а методы бросают вызов всем известным законам кибербезопасности.